藍綠藻即藍菌門（Cyanobacteria），是一類能透過光合作用獲取能量的細菌，藍綠藻植物菌門下物種又稱藍細菌、藍綠菌、藍藻或藍綠藻、藍菌，當中包括藍鼓藻、藍球藻等生物。藻類水華占據天時地利人和，大量增殖，會使水質惡化，嚴重時水體呈現藍色或者綠色，水中氧氣不足導致魚類死亡。藻類水華一旦發生，控制難度就會加大，治理成本顯著提高，因此如果能夠預見水華的發生并及時的采取相應的措施，會取得事半功倍的效果。

更為嚴重的是，藍綠藻中有些種類（如微囊藻）還會產生毒素，大約50%的藍綠藻爆發中含有大量毒素，這些毒素除直接對魚類、人畜產生毒害之外，也是肝癌的重要誘因。

通常的，測量和監測藍綠藻的方法有兩種，即計數法和熒光法。計數法雖為國標方法，但是因為費時和難以作到實時的數據，難以跟蹤水體變化，因此只適合于作實驗室里的測量方法；而熒光法因為能監測水體的實時數據，因此使得藍綠藻在線監測成為可能。

通過熒光法在線測量水體中的葉綠素和藍綠藻，比傳統的萃取法測葉綠素以及人工計數法測藍綠藻有很突出的優點，可以節省大量的時間和人工。通過此方法可實時監測，無需萃取或其他處理，快速檢測，可在潛在的水華造成影響前進行識別。藍綠藻在線監測儀可以實現在線數據顯示，可應用于自來水進口、飲用水源地、水產養殖、地表水、景觀水海水等不同水體在線監測。